使用这些凝胶分析软件工具挤压琼脂糖的数据

在分子生物学领域,数周的基准测试可以在一个凝胶中实现。你拿到克隆了吗?你的老鼠是否表现出预期的突变?你的蛋白质表达良好吗?

答案通常位于DNA或蛋白质凝胶的条带和通道内  。在“过去的日子里”,这些凝胶在灯箱上进行检查并在胶片上拍摄。然后研究人员将手动仔细检查图像,比如用尺子来确定给定的带是否具有预期的尺寸。

如今,用户不再需要对其紫外线灯箱进行预感。只需将凝胶放入  凝胶成像系统即可。这些装置使用计算机软件在很大程度上自动化凝胶摄影过程,无论是溴化乙锭染色的DNA凝胶,考马斯染色的蛋白质凝胶,还是化学发光或荧光蛋白质印迹。一旦捕获了图像,其他工具可帮助用户解密数据。

在这里,我们将回顾您下一个凝胶分析软件产品中要寻找的一些关键特性。

功能

凝胶文档软件  工具执行相对较窄的功能集。然而,**受欢迎的是,Syngene的常务董事Paul Ellwood表示,它是自动车道和波段识别。“人们想要自动发现泳道和带子,”埃尔伍德说。“你不想要做的是突出显示并手动找到每个乐队; 这需要太多时间。“

图像分析工具通常也可以确定谱带分子量和强度,并且在Western印迹的情况下,也执行量化和标准化任务。(LI-COR Biosciences的Image Studio Lite是其软件的免费版本,专门用于分析在其自身或其他供应商的成像平台以及电影上捕获的Western印迹数据。)一些工具本身也执行图像采集,而其他工具在单独的应用程序中单独捕获和分析

2D蛋白质凝胶分析通常是一种更专业的应用,其中用户经常比较两种凝胶(或一种凝胶上标有两种荧光染料的两种样品),寻找斑点数量或丰度的差异Bio-Rad Laboratories允许用户自动进行斑点检测和在PDQuest 2-D分析软件中进行匹配。Syngene的2D分析工具称为Dymension。(Syngene的图像采集和1D凝胶分析工具免费提供给公司的凝胶成像系统,但每个Dymension许可证的价格为1000英镑,约合1,640美元,Ellwood说。)

Syngene提供另一个名为GeneDirectory的软件包,用于存储和搜索遗传学和法医学应用的凝胶模式。Ellwood解释说,GeneDirectory“只是一个记住或存储系统以前见过的各种轨道的数据库。这是一个乐队匹配数据库,可以告诉您之前和之后是否看过该曲目。“

捆绑

尽管存在免费和第三方应用程序,但几乎每个主要的凝胶文档系统供应商都提供用于图像捕获和分析的专有软件,通常是针对硬件定制的。因此,Bio-Rad实验室电泳全球产品经理Maggie Pochyla说,用户很少需要寻找其他解决方案。

例如,Bio-Rad的gel和chemi-doc系统的用户可以使用该公司的  Image Lab™软件,在无限数量的计算机上使用。“所有基本功能加上更多功能都可以在Image Lab中完成,因此不需要使用其他软件,”她说。

Syngene为其成像仪提供两种应用:  GeneSys控制图像采集过程,  GeneTools便于数据分析。同样,Thermo Fisher Scientific将myImageAnalysis软件与myECL Imager 捆绑在一起,LI-COR及其  Image Studio和UVP与VisionWorks®LS图像采集和分析软件捆绑  在一起。

例如,如果实验室已经在使用其他公司的图像分析软件,那么一些用户仍然会选择第三方选项,例如赛默飞世尔科技的**科学家Suk Hong说。ImageJ是一个免费的开源应用程序,而TotalLab的商业  TotalLab Quant是两个这样的选择。

成本

使用第三方或免费软件的另一个原因是价格。数据采集​​发生在凝胶成像站,但分析通常在其他地方进行,如果没有其他原因,只能为下一个用户释放成像仪。

Syngene和Bio-Rad等公司提供无限许可或软件副本,因此用户可以根据需要在尽可能多的工作站上安装图像分析应用程序。但是,其他人则有更严格的政策,成本可以在大型实验室中增加。

例如,Thermo Fisher Scientific通过购买myECL成像仪为myImageAnalysis提供了五个许可证,Hong说。两个席位的额外许可费用为1,599美元。**产品营销经理Jeff Harford表示,LI-COR成像器包括该公司Image Studio软件的单一许可证。他说,一个五用户许可证将运行约3,500美元,一个25用户许可证约为6,500美元。

Pochyla表示,坚持使用影像供应商的软件往往也有优势。其中包括免费软件更新,技术支持,培训以及与硬件的强大集成。

文件格式

一些图像采集和数据分析工具使用行业标准文件格式,如TIFF,BMP,PNG,GIF和JPEG,这意味着用户可以在他们选择的兼容程序中打开图像; 其他人使用封闭或专有格式,这可能会限制您在其他软件工具中操纵图像的能力,例如,如果您的原始分析工具过时了。

营销产品经理Mike Capps表示,UVP的VisionWorksLS软件支持多种标准标准格式,包括TIFF和JPEG格式。Thermo的myImageAnalysis也是如此。但Bio-Rad的图像实验室本身以称为.SCN的专有格式保存图像。Harford说,LI-COR使用TIFF格式的专有版本来处理公司的大动态范围。但是,在这两种情况下,图像都可以以标准格式导出,以用于出版,演示等。

监管问题

凝胶分析软件通常可以打印图像,以各种格式电子存储图像并准备报告以包含在电子实验室笔记本中。但这并不意味着它们实际上支持美国食品和药物管理局对电子记录保存和签名的要求,称为21 CFR Part 11。

Capps表示,UVP的VisionWorksLS软件支持实验室合规性,可根据法规要求执行记录用户和记录文件元数据中图像的所有更改等任务。Bio-Rad提供符合21 CFR 11标准的Image Lab版本。但是,Thermo的myImageAnalysis和LI-COR的Image Studio目前不符合Part-11规范。

使用方便

Pochyla说,图像采集和分析软件使用起来相对比较痛苦,需要大量的手动操作才能捕捉到良好的图像并进行分析。用户经常需要调整滤波器选择,曝光时间,光源和光圈,以及在分析过程中,手动操作通道和波段放置,调整背景等。“我们删除了很多,”她说。

今天,用户坚持易用性,图像分析工具开发人员正在关注,经常实施一键式操作和更直观的工作流程。Pochyla说:“只需点击一下,你就可以拍照并进行分析,这会引起很多客户的共鸣。”

LI-COR的Image Studio将功能捆绑在一系列应用程序“色带”中(类似于Microsoft Office套件中的功能分组)“将功能提升到新的水平,”Harford说。UVP**近添加了用户模板,使用户能够在以后的实验中存储和重用参数。

鉴于该领域的成熟度和深度,您可能无法做出错误的决定; 大多数用户会对这些工具中的任何一个感到满意。但是为了以防万一,试着尝试一下。在你提交之前知道你得到了什么并不会有害。